Le premier rapport annuel a été publié en 1928 et couvrait les années 1918-1928. Il fournit un aperçu sur les origines et le développement des recherches privées de Eduard Rübel. Dès 1931, les rapports annuels paraissent chaque année et contiennent des publications scientifiques, de même que des comptes rendus sur l'activité scientifique de l'institut. Au fil des années, ces rapports deviennent une importante source d'information dans le domaine de la géobotanique.
Ces rapports ont toutefois cessé de paraître en 2003, car les travaux scientifiques sont aujourd'hui principalement publiés dans des journaux internationaux référencés, qui sont en outre accessibles par internet. La Fondation Rübel soutient actuellement la publication du journal international Perspectives in Plant Ecology, Evolution and Systematics.
